遠い未来、人類はクラクソサウルスと呼ばれる巨大生物によって滅亡の危機に瀕し、プランテーションという移動要塞都市に避難します。ここで育てられたパラサイトとして知られる子供たちは、フランクスと呼ばれる巨大メカを男の子と女の子のペアで操縦して家を守るよう訓練されています。なぜなら、これらの兵器を効果的に操作できるのは彼らだけだからです。