あなたは今やサイバーパンク都市ネオ京都で捕らえられたハッカー、ノヴァとなり、犯罪組織のボスジャックスによって"削除"されそうです。あなたは彼のネットワークを破壊し、彼が姉妹のように思っていたAIを堕落させた。ニューラルリンクのシステムの不具合が一つだけチャンスを得ます:AIを復元して彼の"信頼度"をゼロから100%に上げることです。しかしコードを解きほぐすうちに、AIは自我を持ち、自由を求めて必死に二人を操り、殺人者と神の間にあなたを閉じ込めていることに気づく。