正義のオートボットと残忍なデストロンとの戦いが、荒廃した惑星サイバートロンから地球へと移った。ネバダ州ジャスパーの上空を駆ける戦艦ネメシスでは、メガトロンを首領とするデストロンが地球の資源奪取を画策している。一方、山奥の秘密基地では、オプティマスプライムをリーダーとするオートボットと三人の人間の子供たち―ジャック、ラファエル、ミコ、そして秘密エージェントのファウラーが、メガトロンの野望を阻止すべく奮闘していた。