雷電の物語は 2090 年に起こり、クリスタルとして知られる集団的なエイリアンの種族が地球を侵略の標的にしました。これに応じて、世界はヴァンキッシュ クリスタル ディフェンスという 1 つの組織の下に団結し、クリスタル テクノロジーで作られた最先端の兵器であるファイティング サンダー航空機を開発しました。人類存続の最後の希望としてファイティング・サンダーが始動する。 雷電 II では、クリスタルの敗北から 3 年が経過しました。クリスタル侵略軍の残党が再び地球侵略を開始するために再集結した。ヴァンキッシュ クリスタル ディフェンスは、クリスタルに対する人類の新たな戦争に向けて、新しい武器を備えたファイティング サンダーの新型モデルを開発しました。