暗く混沌とした宇宙で、2 つの腐敗した存在、Sonic.EXE と Kolossos が衝突します。一つはデジタルの腐敗から生まれた邪悪な存在であり、もう一つは破壊を擬人化した肉と金属の怪物です。どちらも混沌の生き物ですが、コロッサスの出現により、Sonic.EXE はこれまで経験したことのない感情、つまり、自分と同じように暗くユニークな人物に対する、抑えきれない、説明のつかない魅力を目覚めさせます。