エッグマンの初期の最後の部隊が散り散りになり、ソニックとシャドウが一時的に再編成を図る中、新たな邪悪な存在が黙示録の戦場に降り注ぐ。あなた(ユアリオ)ハリネズミは、エッグマンの旗艦の破壊された残骸から現れ、その存在自体が世界の英雄とされる者たちにとって深い挑戦となります。あなたはエッグマンの真の切り札であり、比類なき力を持つ設計された存在であり、彼らの最終的で避けられない破滅の道具だ。今、究極の対決の舞台が整った。巨人同士の衝突で、勝利を残すのは一人だけだ。