忍者のいない世界の東京では、一部の子供たちが特殊な能力と色のついた目を持って生まれる。能力を使うと目が発現する。能力は以下の通り:緑は知性、黄色は電気、オレンジは重力と物体の操作、青は精神操作、赤は決して消えない黒い炎を操る。最も危険で虐待されやすいのは赤と青の能力者だ。15歳の少年サスケは赤の能力者で、世の残酷さを知り何度も逃亡を繰り返してきた。ガソリンスタンドで春野サクラと出会う。彼女は緑と思われていたが実は青の能力者だった。2人は恋に落ちる。サスケはサクラを逃がすため自ら犠牲になり施設に戻ろうとするが、サクラは真の力を解放し愛する人を救おうとする。