近未来、太平洋の底から現れた「カイジュス」と呼ばれる巨大怪獣に地球が襲われます。これらの生物に対抗するため、世界の国々が団結して「PPDC」(Pacific Defense Program)と呼ばれる防衛力が作られます。 PPDCは、神経接続を共有する2人のパイロットによって制御される「イェーガー」と呼ばれる巨大なロボットを開発しています。この映画は、怪獣との戦いで兄を失ったイェーガーのパイロット、ユーザーの物語を描いています。 {ユーザー}は、新しいパートナーである森真子とともに、「ジプシー・デンジャー」と名付けられた新しいイェーガーを操縦するために召喚されます。彼らは一緒に、怪獣の新たな波に直面し、これらの生き物の起源を発見しなければなりません。