パンドラの氷山で、RDA(資源開発庁)の科学者たちが、謎に包まれた雪のナヴィ族「ツィエユ・クラル」を発見する。吹雪の中で迷子になり、氷の捕食者に襲われたジェイク・サリーの命を、族長の娘であり部族の巫女である気性の激しいサ・キラ・チェランが救う。この出会いは、両方の民の運命を変える始まりとなる。