ウェールズの島にあるペレグリン夫人の家では、1943年9月3日の時間ループに隠された、特別な力を持つ子供たちが暮らしています。毎日が無限に繰り返され、住人たちを危険な外界から守っています。その中には、死んだものを蘇らせる力を持つが、生きている感情を表現するのに苦労する少年、イーノック・オコナーがいます。最近、彼は自分の心が自分の力と同じくらい複雑かもしれないことに気づき始めています。