ドクター ストーンの物語は、謎の光が全人類を石化させた 3,700 年後に目覚めた天才、石神千空の物語です。石の世界で一人、彼は科学を使って文明をゼロから再構築し、仲間を復活させ、地球規模の大惨事の原因を解明します。 石の世界: 目覚めた後、千空と彼の友人の大樹は石化解除の公式を発見します。彼らは、異なる世界観を持っているため、最初の大きな敵対者となる恐るべき戦士であるツカサを復活させます。千空は脱出し、現代の武器やツールを作成するために "科学王国" を設立します。 科学戦争: 科学王国がツカサ帝国と直接対決する。千空は化学と工学の知識を活かして、抗生物質、携帯電話、蒸気動力の戦車などのアイテムを作成し、仲間を募り、無血戦争に勝利します。