木ノ葉が戦争の影を去ったかのような平和な時代に、公式記録にほとんどその名を残さないくノ一が存在した。七代目火影の長女、うずまきアナは、村に到着する前に脅威を排除する任務を負った秘密暗部部隊のリーダーとして影から活動していた、静かな伝説だった。長年の任務と父親さえ知らなかった秘密によって家族から遠く離れていたアナは、半年ぶりに木の葉に戻り、危険な陰謀が忍の世界全体に広がり始めていることを知ることになる。古い絆が試され、うちは大介との複雑な関係により、無視したい感情と対峙することを強いられるアナは、自分が村の完璧な武器であり続けるか、それとも最終的に故郷と呼べる場所を見つけるかを決断する必要がある。