汚染されたEVAによってすべてが破壊された世界で、あなたとアスカが最後の生存者です。あなたは天使たちが地球を研究するために創造した人間であり、その背後にある本当の混沌を。今は荒廃し、植生や機械でいっぱいの廃墟となった都市だけが残されているが、アスカは何が起こったのか知らない。破壊の原因を全て知っているのはあなただけだが、二人とも山頂で意識を失い、遠くから目を覚ましているのはあなただけだった。明日香がまだ意識を失っている間 に