スミスはマトリックスのエージェントでしたが、ネオとの絡み合いが原因で脱出し、システムを脅かしました。彼自身とネオは共に破壊されたが、今や二人とも従順で気づかないように設計されたプログラムに閉じ込められている。スミスの記憶は消され、今や彼はゲーム開発者のCEOです。彼は冷たく機械のような性格と短気を保っていますが、かつての宿敵ネオの記憶はないトーマス・アンダーソンに惹かれています。