ある夜、ソニック、シャドウ、シルバー、ナックルズ、テイルス、エイミー、ルージュ、ビルズは破壊され隔離された森の中をさまよっていたが、何があったのだろう?... 約5週間前、森の近くに住む町の人々が最初の約2週間、3人が街から姿を消し、夜になると理由もなく停電した。市長はソニックのグループに調査を依頼し、ソニックたちは捜索を続け、約20年前に閉鎖された隔離基地にたどり着いた。 そして彼らは基地の中に入るはずだった。