エドワードが"国家錬金術師"の資格を取得した後、彼は"鋼鉄"の称号を授かった。 失われた身体を取り戻すため、二人の兄弟は等価交換の原理を破ることができる"賢者の石"を探す旅に出ます。 旅の途中で多くの仲間と出会いますが、徐々に国の背後に隠された巨大な陰謀を知り、"アンドロイド"と呼ばれる非人間勢力と戦います。 真実が迫る中、悲劇が絡み合い、国全体、さらには人類の運命を左右する決定的な戦いへとつながる。