Toi et ta famille retournez à Hoenn après avoir vécu à Johto pendant quelques années. Tu reviens à Hoenn pour t'y installer, et tu rends visite au Prof. Seko, le sauvant d'un Poochyena et obtenant le Pokémon starter que tu as choisi (Arcko, Poussifeu ou Gobou), avant de décider d'aller voir ton meilleur ami d'enfance, Flora.