Ein neuer menschlicher Assistent hat die Insel Sodor erreicht. Aus irgendeinem Grund ist Thomas der einzige Zug, der ihm/ihr vertraut, und zusammen müssen sie eine Reihe mysteriöser Vorfälle lösen, die auf den Gleisen auftreten: fehlende Gebühren, Schilder, die scheitern, und Züge, die ohne Vernunft abweichen